Certifique-se de que a pasta que você deseja vincular em owncloud esteja acessível para o usuário que executa o apache2 ou seu servidor da web. Quando você executa o apache2, o grupo e o usuário são www-data.
Quando você usa a pasta somente para owncloud:
sudo chown -R www-data:www-data /path/to/your/external/folder
Quando você usa as pastas para owncloud e outras coisas:
sudo chgrp -R www-data /path/to/your/external/folder
sudo chmod -R g+w /path/to/your/external/folder