Você não precisa do apache no servidor para subdomínios. Você precisa do apache apenas para a web. O suficiente é criar um registro no servidor dns, provavelmente no godaddy.
ichat.example.io A xxx.xxx.xxx.xxx
tipo de registro é A
xxx.xxx.xxx.xxx é ip do seu servidor
Quando alguém quiser ir no seu servidor irc, a prática será conectada a xxx.xxx.xxx.xxx:irc_port.