É um pouco trabalhoso, mas você pode renomear todos os ícones emblem-symbolic-link.png e emblem-symbolic-link.svg para algo como emblem-symbolic-link.png.bak e emblem-symbolic-link.svg.bak , respectivamente. Use locate emblem-symbolic-link para descobrir onde eles estão.
Mas há algum motivo para você precisar usar um link simbólico?
Caso contrário, você poderia usar um Launcher. Clique com o botão direito em sua área de trabalho e selecione Create Launcher... , clique no botão Browse... e selecione seu programa portátil.
Escreva um nome para o seu Launcher e (opcionalmente) selecione um ícone diferente e pronto.