Você está executando exatamente da mesma maneira que eu: SSD para o sistema, HDD para /home .
No Linux, há uma diferença entre o /boot e o / . O primeiro é uma pequena fração do sistema, enquanto o segundo é todo o resto (no seu caso: excluindo /home ).
Portanto, seu SSD não é usado apenas para o /boot , mas também para /tmp (onde os arquivos temporários são criados) /bin onde os executáveis residem ... Basicamente, se você instalar softwares e jogos, eles para ir ao SSD, e os arquivos salvos irão para o seu disco rígido.
Para obter a documentação completa, acesse Padrão de hierarquia do FileSystem e faça o download do PDF e leia tudo sobre ele.