Eu sou iniciante no Gromacs, tentei instalar a versão 5.0.2 e executei todas as etapas, e estava quase confiante de que ela tinha sido instalada com êxito após o comando pdb2gmx. Mas outro dia abri o terminal e depois do comando mdrun -version enfrentei esse erro: A versão do gromacs foi 4.6.6 !!! O que devo fazer? obrigado pelo seu tempo
Parece que o seu comando mdrun é originado nas instalações do gromacs-4.6.6, que talvez seja a versão pré-instalada no Ubuntu. Você precisa desinstalar (remover) a versão gromacs-4.6.6 no Ubuntu usando o sudo apt-get remove gromacs *
Veja se isso funciona