A razão pela qual esses arquivos desapareceram é um mistério.
Eu instalei o nautilus-open-terminal como mencionei acima, mas não fiz nada com ele.
Eu pensei em verificar algumas das outras pastas no mesmo nível, para ver se o conteúdo delas estava correto. Eles foram. Enquanto estava lá, também abri esta pasta "Movies" novamente. Tudo parecia normal.
Eu não tenho ideia do porque de repente ele começou a funcionar corretamente novamente. Eu não fiz nada enquanto isso, incluindo a não reinicialização do computador.
No momento, isso não é mais um problema. Espero que continue assim.