Você deve modificar source path
usado pelo gdb para descobrir o arquivo de origem.
De acordo com o manual do gdb :
% bl0ck_qu0te%Primeiro, você precisa descobrir onde o arquivo de origem está no seu sistema:
locate main.c
e depois use o comando dir dirname
para:
Leia atentamente o link do manual do gdb acima para saber como este source path
é usado.