Não, o IPythons não é uma versão do Python, mas um par de utilitários para o Python. Principalmente um shell de comando melhorado e o notebook. Mas você está usando sua instalação normal em python.
Você pode instalar o Ipython com sua própria versão contida do python, mas isso não é o que o pip faz por padrão.
O Pip pode instalar pacotes localmente se você der a opção -user, se você fez isso, então você ainda tem apenas uma instalação do python, mas com bibliotecas diferentes para usuários diferentes.
Finalmente, se você estiver chamando-o com ~/.local/bin/ipython
, provavelmente executará a versão em nível de usuário do ipython, em vez da versão em nível de sistema (se você tiver ambos instalados). Se for executado a mesma coisa ou um diferente do que digitar 'ipython' depende do seu caminho.