O problema foi resolvido sozinho após algumas atualizações do Ubuntu.
Atualmente, meu arquivo xorg.conf é assim:
Section "ServerLayout"
Identifier "layout"
Screen 0 "nvidia"
Inactive "intel"
EndSection
Section "Device"
Identifier "intel"
Driver "intel"
BusID "PCI:0@0:2:0"
Option "AccelMethod" "SNA"
EndSection
Section "Screen"
Identifier "intel"
Device "intel"
EndSection
Section "Device"
Identifier "nvidia"
Driver "nvidia"
BusID "PCI:1@0:0:0"
Option "ConstrainCursor" "off"
EndSection
Section "Screen"
Identifier "nvidia"
Device "nvidia"
Option "AllowEmptyInitialConfiguration" "on"
Option "IgnoreDisplayDevices" "CRT"
EndSection