O pacote instalado está em duas categorias: instalado manualmente e instalado automaticamente. A maioria dos pacotes que vêm pré-instalados com o Ubuntu e os pacotes que você aponta para instalar com apt-get são manualmente instalados. Dependências desses pacotes que você não listou manualmente são automaticamente instalados.
No seu caso, eu acho, esses pacotes vêm como dependências para algum pacote, que depois da atualização esse pacote não os lista mais como dependências obrigatórias. Os pacotes Automaticamente instalados de que ninguém mais depende são chamados órfãos e devem ser excluídos ocasionalmente.
Para marcar manualmente o pacote como manual apenas apt-get install it . Não fará diferença real no sistema.