Eu apenas segui este tutorial desativando os atalhos de teclado antigos e criando novos. Nesse link eles usam as teclas multimídia para controlar o mixer alsa, mas eu usei para controlar o mixer pulseaudio com Aumentar o volume:
pactl set-sink-volume 0 +10%
Diminuir o volume:
pactl set-sink-volume 0 -- -10%
Mudo:
pactl set-sink-mute 0 toggle
Isso só controlará o volume pulseaudio e ignorará qualquer coisa conectada diretamente ao Jack. Ele também deixa você sem o gui útil mostrando o nível do volume conforme você o ajusta.