As tarefas de desktop e servidor são o mesmo sistema operacional, a escolha é apenas sobre qual software opcional você gostaria que o instalador iniciasse com você. É uma opção se você deseja instalar um software adequado para a área de trabalho, como um ambiente de área de trabalho (como o Windows) ou um software adequado para um servidor, que não terá nenhum ambiente de área de trabalho e usar um prompt (como o DOS).
Se você escolher um, ainda será possível alterá-lo posteriormente. E é possível ter um ambiente de desktop instalado, mas também instalar software de servidor (como servidores web, etc.).