O Wubi cria partições virtuais como arquivos de imagem dentro da sua unidade do Windows. Esta é uma maneira fácil de instalar o Ubuntu Linux sem fazer grandes mudanças na unidade, mas ela vem com muitos inconvenientes. Por exemplo, a estabilidade do seu sistema de arquivos Linux está sempre à mercê do seu sistema de arquivos do Windows e eles não são tão bons em serem estáveis. E se você excluir o seu Windows, você também excluirá o Linux contido nele.
Em geral, você não deve usar o Wubi. Ele está obsoleto, tem muitos bugs e não foi mantido por um tempo.
Desculpe, mas para resolver seu problema, você precisará reinstalar o Ubuntu. O melhor seria instalar a versão mais recente do LTS (14.04) durante a inicialização a partir de uma mídia de instalação (Live DVD, USB stick).