Não, você não deve se preocupar porque:
- Você pode se livrar do Ubuntu sem tocar no GRUB
- Você pode inicializar seu CD de recuperação do Windows 8.1 e ele automaticamente se livrará do grub (e do Ubuntu! Cuidado!)
- Se você tem UEFI, é ainda menos problemático: basta excluir alguns arquivos ...
Alterar o material de inicialização depois de ter sido instalado é sempre mais complicado do que simplesmente excluir itens. Então, se em meio ano você quiser excluir o Windows 8.1, basta abrir uma nova pergunta e você encontrará milhares de pessoas querendo ajudá-lo! ; -)
P.S. Também o ajudaremos a deletar o Ubuntu, mas eu deletei o Windows cerca de um ano atrás para abrir espaço para mais Ubuntu e deletei a pré-visualização do Windows 10 cerca de 2 semanas atrás, então não é inconcebível você também!