Eu tive um problema parecido no Linux mint com o LXDE, toda vez que eu iniciava ou reiniciava o sistema, o ponteiro do mouse era redefinido para o padrão, mesmo quando editei o arquivo Xorg.conf com opções de aceleração do mouse, ele simplesmente não funcionou.
O que funcionou para mim foi editar o arquivo /home/nome_usuário/.config/lxsession/LXDE/desktop.conf
Eu editei a seção [mouse] do arquivo assim:
[mouse] AccFactor = 70 AccThreshold = 1 LeftHanded = 0
então eu reiniciei o sistema e funcionou. Note que esta é minha configuração pessoal que é mais rápida que o padrão.
Meu ponteiro teve desde então a velocidade que eu quero. Eu tenho que mencionar que o AccFactor só trabalhou com valores de dezenas (10,20,70 etc) e o AccThreshold em 1.
Eu acho que todo ambiente de desktop tem seu próprio arquivo de configuração, e a maioria deles tem um gui para acesar a configuração, mas eu não sei o que acontece com o lxde que não salva as mudanças do ponteiro do mouse ou elas são sobrescrito toda vez que o sistema inicia.
Espero que isso possa ajudá-lo.
P.S. desculpe se eu tiver erros na minha escrita, eu ainda estou aprendendo inglês.