Você só precisa selecionar o método de particionamento manual e dizer ao instalador para não formatar qualquer partição que você queira usar.
No entanto, você terá que criar pelo menos uma partição Linux vazia (ext3 / 4) onde instalar o Ubuntu (você também pode escolher criar outra partição vazia de 2-3Gigs como swap). Você pode reparticionar o seu disco rígido, usando o LiveCd GParted.
O Ubuntu também instalará o grub2 para você, detectando sua outra instalação do Windows.