Você pode fazer algo assim
#open suphp.conf file
gksu "gedit /etc/suphp/suphp.conf
#or like this
sudo nano /etc/suphp/suphp.conf
#change the document root folder
docroot=/var/www/
#to
docroot=/home/user/public_html/
#restart apache
sudo service apache2 restart
#or like this
sudo /etc/init.d/apache2 restart
#test your new location
echo "<?php echo 'whoim = '.exec('/usr/bin/whoami');?>" | tee /home/user/public_html/whomi.php
Agora abra seu navegador e navegue até localhost / whomi.php e você deverá ver seu ID. Uma documentação mais detalhada pode ser encontrada aqui