Os backups são meio complicados, porque todos têm necessidades diferentes.
O Clonezilla é uma opção, como você mencionou, mas para um sistema de desktop algo mais leve como o Duplicity ou o Deja-Dup pode ser mais adequado, pois backups menores e incrementais podem ser armazenados em um servidor remoto ou externo.
O Tarsnap é uma alternativa mais leve e segura.
Se você tem vários sistemas em seu ambiente, algo como Bacula também pode ser útil, mas requer uma configuração muito mais complicada.