Para outros usuários que se deparam com esse problema. A raiz é um problema de compatibilidade entre o Java e a bandeja do sistema no Gnome 3. Vá para CloudStickyNotes.com e entre em contato com o suporte (vá até o inferior para ver o endereço de e-mail). O proprietário (eu) lhe enviará uma construção que padroniza a janela em vez da bandeja do sistema.