Tente isso. Instale o Gnome Panel, apenas pressione Ctrl + Alt + T no seu teclado para abrir o Terminal. Quando se abre, execute o (s) comando (s) abaixo:
sudo apt-get install gnome-panel
Uma vez instalado, digite:
gnome-desktop-item-edit --create-new ~/path/to/shortcut
(localização do atalho). No exemplo abaixo, vou criar um atalho para o Ubuntu.com e colocá-lo dentro da pasta Documentos. Quando eu pressionar Enter , uma janela será aberta com as propriedades. Veja as imagens abaixo.
gnome-desktop-item-edit --create-new ~/Documents
Uma vez feito, basta clicar no atalho recém-criado.