O ponto do arquivo .bashrc é que ele configura o shell para ser mais conveniente para usuários interativos. Alias útil, cores bonitas, prompts úteis, variáveis de ambiente comuns, esse tipo de coisa.
E algumas dessas conveniências podem quebrar scripts não interativos. Por exemplo:
'alias rm='rm -i''
Não funcionaria de forma não interativa (graças a zwets).