Provavelmente, a maneira mais simples de fazer isso é usar um diretório "Encrypted Private". Isso tornará ~/Private
criptografado e você poderá mover árvores para lá e criar links simbólicos para elas (para o firefox, etc). É muito fácil de configurar:
sudo apt-get install ecryptfs-utils
ecryptfs-setup-private
Agora, faça o logout da sua sessão e retorne, e você terá um diretório ~/Private
criptografado automontado. Você pode mover coisas assim:
cd ~
mv .mozilla Private/
ln -s Private/.mozilla .
Para mais detalhes, veja "man ecryptfs-setup-private", ou leia o manpage online