Parece que nós herdamos esta política do Debian. A discussão mais próxima que posso encontrar sobre essa política é a partir desta discussão em 2003.
No entanto, encontrei um novo rascunho de política (confira a seção 3.1 ) que parece ter mais detalhes que podem ajudar a resolver sua questão. Ele menciona especificamente o Padrão de Hierarquia do Sistema de Arquivos . De acordo com, /usr/share/doc inclui "Dados (compartilhados) independentes de arquitetura", que incluem páginas da Web que o usuário não pode modificar.
Como o Mediawiki é editável pelo usuário /var/lib/mediawiki seria o lugar para onde ir, já que a FHS diz que /var/lib é o lugar para "informações de estado. Dados persistentes modificados por programas enquanto são executados, por exemplo, bancos de dados, sistema de empacotamento metadados, etc.
"e o manual diz:
User uploaded content
A unique subdirectory of /var/lib/PACKAGE
O restante da seção no manual explica as coisas dependentes da arquitetura (como PHP e Perl).
Esta informação está marcada como Rascunho, por isso não tenho a certeza se é aplicada ou pendente no Debian. Eu esperaria que se esta fosse a política final que provavelmente herdaríamos do Debian.
Então, eu acho que a resposta parcial é "O FHS diz isso e o Debian segue, então nós fazemos." Eu (infelizmente) não consigo encontrar nenhuma informação sobre a justificativa / razões pelas quais a ESF é assim, talvez outra pessoa tenha mais sorte em encontrar essa informação e adicionar uma resposta.