Mas claro! Você precisará de alguns ajustes especiais.
Se você tiver um sistema uEFI, basta instalar algo como rEFInd. Ele permitirá que você escolha se deseja inicializar no Vista ou no Ubuntu. Não hotswap drives, no entanto. Mantenha um no caddie e certifique-se de que ele fique lá.
Se você possui o BIOS legado, fica um pouco mais complicado. Você precisa entrar em suas configurações de BIOS e descobrir como selecionar um dispositivo de inicialização única. Depois de ter encontrado isso, coloque o disco rígido do Vista em seu PC e o disco do Ubuntu no caddie. Use o BIOS para selecionar a unidade específica e voilà!
O motivo de você ter ficado longe do GRUB é porque ele não encontrará o que deseja (Linux) se a unidade do Windows for interna. Por outro lado, o Windows não funcionará muito bem se não for interno. É muito exigente sobre hardware ...