Se eu não estiver errado, o speaker-test chama o ALSA diretamente para o teste, enquanto o Ubuntu usa o PulseAudio para fazer interface com o ALSA. É por isso que você está ouvindo a diferença.
Eu tenho som surround de montagem no Ubuntu 14.04. Quando estou testando com o comando:
speaker-test -Dplug:surround51 -c6 -l1 -twav
eveyting parece bom, mas quando estou usando as Configurações do sistema > Som > Teste de som, os resultados são diferentes. Tive um desempenho ruim nos canais corretos (os canais da direita pausam a cada 0,5 s). Enquanto ouço música, recebo esse desempenho ruim do segundo teste e não entendo o motivo.
Se eu não estiver errado, o speaker-test chama o ALSA diretamente para o teste, enquanto o Ubuntu usa o PulseAudio para fazer interface com o ALSA. É por isso que você está ouvindo a diferença.