O Ubuntu suporta atualizações no local e elas são bem testadas.
Para fazer uma atualização in-loco a partir da linha de comando, tudo o que você precisa fazer é sudo do-release-upgrade
e seguir as instruções na tela. Novas fontes serão configuradas, novos pacotes serão baixados e scripts de atualização apropriados serão executados. O processo pode levar várias horas, dependendo da velocidade da sua conexão com a Internet.
O que você realmente não quer fazer é instalar o Ubuntu 14.04 LTS por cima do Ubuntu 12.04 LTS, porque as atualizações apropriadas não acontecerão.