Não sei como configurar o ProFTPD a partir do webmin, mas se você puder usar o SSH no sistema (ou acessar um terminal), edite /etc/proftpd/proftpd.conf
para alterar o DefaultRoot
para:
# Use this to jail all users in their homes
DefaultRoot ~
Reinicie o serviço ftp:
sudo service proftpd restart
Você pode fornecer exceções para determinados usuários / grupos.