Estou executando o Ubuntu 14.10 no MacBookPro8,1 e tive sucesso com o comando synclient (verifique as configurações atuais com o synclient -l). Para mim, o comando a seguir desativa os gestos com três dedos
synclient TapButton3 = 1
Como alternativa, você pode tentar ajustar a sensibilidade. Aqui está o link que me ajudou Desativar três toque de dedo da Apple Trackpad no Ubuntu 12.04
e aqui está o link com informações sobre cada gesto