Duas boas referências para diferentes métodos de backup:
Como fazer o backup de configurações e lista de pacotes instalados
Eu mesmo uso o método 'rsync', porque posso simplesmente ver os arquivos de backup em um navegador de arquivos.
O script que eu uso para backup é o seguinte:
#!/bin/bash
dpkg --get-selections > ~/backupData/Package.list
sudo cp -R /etc/apt/sources.list* ~/backupData/
sudo apt-key exportall > ~/backupData/Repo.keys
rsync --progress --delete -a /home/chick/ /media/chick/Lbck/backup
Isso tem a vantagem possivelmente questionável de também fazer o backup da lista de pacotes instalados e tudo em meu diretório pessoal, em um disco rígido USB.
Por favor, note que esta não é uma lista exclusiva de como fazer backups, mas uma boa lista de métodos baratos. O que é importante aqui é que você tenha um backup para evitar os pequenos momentos da vida em que tudo vai para o sul.
Se você tiver os recursos disponíveis, vários backups usando diferentes métodos de backup são uma ótima ideia.