Eu tenho esse mesmo problema ao adicionar um arquivo à pasta do meu projeto fora do aptana studio. O que resolveu para mim foi uma atualização na janela do meu explorador de projetos (clique direito e clique em atualizar - eu acho que o atalho é f5 talvez ). Então eu pude ver o arquivo no meu explorador de projetos, então eu apenas clico nele de lá ou reabra-o.