Para 12.10–15.04 você pode criar um tema CSS para o GTK 3.0, conforme explicado neste comenta de Kees (kees-vanveen) no relatório de erros postado acima por Alessio.
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Crie o arquivo
~/.config/gtk-3.0/gtk.css
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Cole como conteúdo usando a cor desejada:
TerminalWindow .notebook tab:active { background-color: #def; }
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Feche todas as janelas do Terminal e reinicie o aplicativo para ver a alteração.