É muito improvável que você note qualquer diferença de velocidade.
Isso não afetará a velocidade percebida de seu sistema, por exemplo, capacidade de executar várias tarefas ou assistir a vídeos de alta definição.
A única coisa que poderia ser afetada são leituras e gravações de arquivos. No entanto, como as partições individuais já estão contíguas no disco rígido, duvido que a exclusão de outras partições possa ajudar.