Você pode recuperar (ou pelo menos ter acesso a) seus arquivos novamente, tente usar ecryptfs-recover-private
para procurar pastas particulares criptografadas e tentar lê-las.
Ainda não ouvi falar da pasta .ecryptfs ficando tão grande, acho que normalmente são apenas pequenos arquivos de configuração, mas talvez ela possa ter sido definida como pasta ".private" e conter seus arquivos reais? Isso não seria muito bom.