Um método de dois estágios seria criar um script que, dado um caminho para um pacote, verifica a existência de uma versão amd64 e, se encontrar tal versão, exclui o pacote i386 .
Algo como:
#! /bin/bash
for i
do
PKG=${i/i386/amd64}
if [[ -f $PKG ]]
then
rm $1
fi
done
salvo como script.sh , por exemplo.
E então:
find ${REPOSITORY_ROOT} -iname '*i386.deb' -exec ./script.sh {} +
A coisa toda talvez possa ser feita usando um único comando find , mas isso deve ser suficiente.