Eu costumava ter esse problema em um XPS 15 9550 com o Ubuntu 16.04. Eu tentei atualizar para 16.10 para ver se o problema foi resolvido, mas a atualização não foi bem, então voltei para 16.04 (graças a Timeshift ).
No entanto, resolvi o problema seguindo a resposta da ComBin aqui
sudo apt-get purge xserver-xorg-video-intel
(na verdade, também removi o arquivo "/usr/share/X11/xorg.conf.d/20-intel.conf", que eu tinha anteriormente ajustado)
A solução é basicamente remover o driver intel e recorrer a modesetting, ele deve ser o comportamento padrão em novas versões do Ubuntu (talvez ele já esteja em 16.10, eu não verifiquei): link
Note que isso também resolve problemas com a troca de gpu via nvidia-prime (veja aqui )