Qual ambiente de área de trabalho você está usando? Quando você fizer login, poderá selecioná-los clicando no ícone à direita do seu nome de usuário.
Se eu fizer o login no Ubuntu (padrão), posso obtê-lo transparente. Se eu mudar para o GNOME, não posso. No entanto, se eu fizer login no GNOME classic, (não consigo descobrir como abrir um terminal com esse ainda).
Sob o flashback do GNOME, obtenho um comportamento intermediário. Parece que "fundo transparente" significa algo diferente em flashback. Se você mover a casca do terminal pela tela, verá que o terminal é transparente para o plano de fundo da área de trabalho.
Isso é especialmente óbvio se você definir sua área de trabalho como papel de parede. No entanto, o terminal shell ainda bloqueia os ícones que você pode ter colocado em sua área de trabalho, bem como outras janelas abertas.
A metacity tem o mesmo comportamento que o flashback.
Então, é possível que, se você quiser um shell transparente, possa estar restrito ao plano de fundo da sua área de trabalho.