Como com outros aplicativos (editores de texto, navegadores da web, servidores da web), eu diria que você pode instalar quantos desejar. Cada interface (web) precisaria ser configurada para usar uma porta ou URL exclusiva.
Assim como você não editaria o mesmo arquivo com dois editores diferentes ao mesmo tempo, eu não configuraria o mesmo serviço com as duas ferramentas ao mesmo tempo. Você pode gerenciar o apache com um e iptables com outro. Se você tentar, por exemplo, gerenciar o apache com ambos, pode ou não entrar em conflito. Eu poderia ver hosts virtuais e / ou virtualização se tornando confusos se os dois painéis de controle usassem métodos de configuração diferentes.