O menu de aplicativos do Empathy não fica na janela que aparece quando você inicia o aplicativo (a janela da lista de contatos). Em vez disso, ele vive por padrão no painel superior e pode ser acessado clicando no nome do aplicativo ("Empatia") no painel superior (que só aparece se o aplicativo tiver o foco).
Eu não vi o menu desde que eu desativei esta parte do painel superior através da extensão TaskBar Gnome Shell. Eu fiz isso porque ver o nome do programa atual parecia inútil para mim e porque eu não sabia que um menu útil ficaria escondido lá.
Agora eu também descobri que a ferramenta Gnome Tweak me permite decidir se o menu do aplicativo é mostrado na barra superior ou não. Neste último caso, ele será integrado na janela principal do aplicativo.
Obrigado a todos por responderem!