Estou supondo que você está particionando seu HDD via linux ao vivo, então o que eu recomendaria é criar uma partição não formatada através do windows e tentar o processo de instalação novamente selecionando a partição não formatada como espaço de unidade alocado para o Linux.
Não sei por que o Ubuntu tem problemas com o particionamento de unidades através do LiveCD, mas toda vez que eu instalei o Ubuntu, eu encontrei algum tipo de problema ao fazer isso. Então eu vou pela rota do Windows e até agora eu tive instalações sem problemas.