Instalar no disco externo será como instalar em um disco interno. Não deve haver limitações em qual hardware ele pode usar. A única diferença será em velocidade. Dependendo de como o disco externo está conectado, ele não será tão rápido na inicialização ou no carregamento de arquivos como um disco interno. Conexões como eSATA ou USB 3.0 podem estar mais próximas do desempenho dos discos internos.
Você só precisará conectar a unidade externa quando quiser inicializar o Ubuntu ou acessá-lo pelo Windows. O Windows não precisará da unidade para inicializar e, mesmo se você configurar o BIOS para inicializar a unidade externa primeiro e a unidade externa não estiver conectada, ela deverá ser movida para a unidade interna.