O Linux em geral (e especificamente o Ubuntu) não tem problemas para inicializar a partir de uma partição lógica, portanto é seguro usá-los para todas as partições que você escolher criar. O instalador do Ubuntu sempre criará partições lógicas de qualquer maneira e não é uma boa idéia substituir esse comportamento, pois você pode criar apenas até quatro partições primárias.
(O único sistema operacional ainda em uso hoje que tem problemas com a inicialização de partições lógicas é o caminho pelo Windows XP)