Se você estiver usando o Ubuntu, você pode tentar o "Disk Utility". Se isso falhar, pode ser porque o USB foi particionado incorretamente. Se isso for verdade, então você deve usar o "GParted" para reparticionar e formatar. Você deve formatar o seu USB para o Fat32 para ser compatível com a maioria dos outros sistemas operacionais, mas essa é a sua escolha para decidir.
O GParted está disponível através do Ubuntu Software Center, se ainda não estiver instalado e o Utilitário de Disco deveria ter sido instalado com o pacote do Ubuntu.
Você já deve saber disso, mas precisa ter cuidado ao usar o GParted ou danificar o HDD se selecionar a unidade errada. Só não se esqueça de selecionar o USB.