Por padrão, o MySQL parece apenas escutar em um soquete TCP, em vez de um soquete de domínio unix.
Seu cliente está tentando se conectar ao servidor pelo soquete de domínio (mais rápido).
Você precisa ativar o soquete do Unix da seguinte forma:
Edite o arquivo:
/etc/mysql/my.cnf
Remova o comentário da linha:
socket = /var/run/mysqld/mysqld.sock
Em seguida, execute: