Se eu realmente entender seu objetivo aqui, você deseja ignorar algumas das permissões de administrador.
Solução 1:
Você pode instalar facilmente o chntpw
sudo apt-get install chntpw
e simplesmente redefina a senha do administrador para ter acesso total ao sistema.
Solução 2
Você pode emular um executável do Windows no Linux usando o wine e o playonlinux ou fazer a instalação em uma máquina virtual do windows usando o virtualbox
sudo apt-get install wine playonlinux
sudo apt-get install virtualbox
então você pode mover os arquivos instalados para a partição do Windows no respectivo local do sistema e usar chntpw para fazer as modificações necessárias no regedit.
PS:
sobre a primeira solução, estou ciente de que existe a possibilidade de fazer login na conta do administrador sem redefinir a senha, mas não me lembro do truque. Eu acho que é feito de alguma forma com o Linux, mas não tenho certeza se pode ser um CD inicializável do Windows.