Bem, tudo está perfeitamente bem: na primeira vez que o xorg.conf não estava presente, o xconfig relatou:
WARNING: Unable to locate/open X configuration file.
Ele criou um xorg.conf ainda:
New X configuration file written to '/etc/X11/xorg.conf
Na segunda execução, o xorg.conf já estava presente:
Using X configuration file: "/etc/X11/xorg.conf".
Por isso, foi feito backup:
Backed up file '/etc/X11/xorg.conf' as '/etc/X11/xorg.conf.backup'
e um novo foi criado em seu lugar:
New X configuration file written to '/etc/X11/xorg.conf'
Claro, se você não alterou o xorg.conf entre as duas execuções, tanto o backup quanto a nova versão são idênticos.