Nos sistemas amd64, o apt tenta obter os pacotes amd64 e os pacotes i386. Isso é (pelo menos parcialmente) porque os pacotes i386 são instaláveis no amd64 e alguns aplicativos e bibliotecas são apenas i386 (o Skype vem à mente). Portanto, o apt também precisa obter a lista de pacotes i386. Portanto, você obtém esse erro.
Quanto a algo no lado do servidor, também é possível editar o arquivo de configuração para permitir o i386 e executar reprepro -Vb . export
. Isso criará um arquivo de lançamento e pacotes i386 vazio.