Não há necessidade de remover a entrada do Windows do gerenciador de inicialização interno do firmware. Se o Windows está se configurando como o carregador de inicialização padrão (o que você não diz explicitamente que está fazendo, mas pode ser por isso que você está removendo sua entrada), veja esta pergunta / resposta para uma solução.
O erro do sistema é provavelmente não relacionado a isso, mas não posso ter certeza. Você pode fornecer mais detalhes, como uma mensagem de erro? Você obterá melhores diagnósticos no problema de desligamento se você iniciar sem as opções de quiet splash
do kernel, que são ativadas por padrão. Você pode removê-los no GRUB pressionando e
para editar as opções antes de inicializar.