Como você pode ver no arquivo, existem vários lugares onde os arquivos de configuração também são carregados.
!includedir /etc/mysql/conf.d/ :
Verifique todos os arquivos neste diretório se a configuração for sobrescrita por um:
grep -i lower_case_table_names /etc/mysql/conf.d/*
ou verifique os arquivos manualmente e procure o valor de configuração.
# - "~/.my.cnf" to set user-specific options. : Verifique o .my.cnf do usuário que executa o daemon mysql , talvez haja essa configuração sobrescrita.
Descubra o uid do usuário com:
ps -ef | grep mysql
A primeira linha é o uid. Encontre o diretório pessoal do usuário com:
grep <uid> /etc/passwd
a sexta string : -separated é o diretório inicial. Quando neste diretório é um .my.cnf , este arquivo é carregado.
Pare o daemon do mysql com /etc/init.d/mysql stop . E verifique se o daemon está parado com pgrep mysql e pgrep mysqld . Se os comandos pgrep ainda retornarem pids, mate esses pids com kill . Às vezes mysql precisa de um tempo muito longo para parar com bancos de dados enormes, isso é normal. Então, primeiro espere antes de matar coisas.
Se você tiver certeza de que mysql está parado e que todos os arquivos de configuração foram limpos desse valor de configuração, inicie mysql novamente com /etc/init.d/mysql start e verifique o valor.