Não sei como recuperar preferences nos seus menus, mas você pode usar gsettings para exibir números de linha. Digite este comando no terminal:
gsettings set org.gnome.gedit.preferences.editor display-line-numbers true
Caso você precise alterar outras configurações para gedit , você pode usar este comando para encontrar algumas que estão disponíveis: (graças a esta resposta
gsettings list-recursively | grep -i gedit