Eu não sei como as configurações do sistema ficaram assim, mas parece que isso é resultado de configurações não padrão. No passado, mexi nas configurações de aparência e é definitivamente possível alterar as cores e a transparência da barra superior, além de muitas outras coisas.
Uma abordagem seria chegar em Configurações- > Aparência e alterar o tema que você está usando.
Outra seria instalar o compizconfig-settings-manager
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
e use o comando ccsm para alterar a aparência da sua área de trabalho, mas tenha cuidado para limitar as alterações apenas a cores, fontes etc.
ferramenta de ajuste de unidade
sudo apt-get install unity-tweak-tool
pode ser mais fácil e seguro.